九寨溝是中國第一個以保護自然風景為主要目的的自然保護區。保護區森林覆蓋率超過80%,藤本植物有38種,名貴中藥有冬蟲夏草、雪蓮、雪茶、川貝母、天麻等。有74種國家保護珍稀植物,18種國家保護動物。
九寨溝國家級自然保護區有陸棲脊椎動物122種,其中獸類21種,鳥類93種,爬行類4種,兩棲類4種。擁有國家級保護動物,一級有大熊貓、金絲猴、豹、白唇鹿、扭角羚、綠尾虹雉;二級有獼猴、小熊貓、林麝、斑羚、藍馬雞、紅腹錦雞、紅腹角雉、斑尾榛雞、雉鶉、金雕等。